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コラム

再生医療は医療費控除の対象になるか?

Medical Expense Deduction

「自由診療でも、医療費控除は使えますか」——費用のご相談で、保険の次に多くいただく質問です。

対象となる場合があります。ただし、目的によって扱いが変わります。この記事では国税庁が示している考え方を整理しますが、最終的な判断は所轄の税務署が行います。ここに書いてあることを当院が保証するものではありません。

結論:対象となる場合があります

再生医療の費用は、治療を目的として医師の診療を受けた対価であれば、医療費控除の対象となる場合があります。自由診療であること自体は、対象外となる理由にはなりません。

対象になりうる
症状に対する治療を目的とした診療の対価
対象外となりうる
美容を目的としたもの、健康増進や予防を目的としたもの
判断するのは
所轄の税務署。医療機関ではありません

当院は税務の専門機関ではありません。この記事は国税庁が公表している一般的な考え方を整理したものです。個別の可否は、必ず所轄の税務署または税理士にご確認ください。

医療費控除とはどういう制度か

その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が一定額を超えたとき、超えた分を所得から差し引ける制度です。税金が直接戻る仕組みではなく、課税対象となる所得が減ることで結果的に負担が軽くなります。

いくらから対象になるか

医療費控除の計算方法(支払った医療費から補填される金額と10万円または総所得の5%を差し引く)を示した図解
控除額の上限は200万円です。生計を一にするご家族の分は合算できます。
総所得金額等差し引く基準額
200万円以上10万円
200万円未満総所得金額等の5%

支払った医療費の合計から、保険金などで補填される金額を引き、上の基準額を差し引いた残りが控除の対象です。控除額の上限は200万円です。

生計を一にするご家族の医療費を合算できます。単独では基準に届かない場合も、世帯でまとめると対象になることがあります。

「治療目的」かどうかで変わります

国税庁は、医療費控除の対象を「医師等による診療または治療の対価」としています。ここが分かれ目です。

当院の場合、膝の痛み・慢性腰痛・コロナ後遺症の症状・脳卒中後の後遺症など、すでにある症状に対してご相談いただくケースと、健康増進や将来への備えとしてご検討いただくケースがあります。同じ治療でも、前者と後者では扱いが変わる可能性があります。

当院のサイトには予防医学・健康寿命の延伸という文脈のページもあります。こうした目的でお受けになる場合、医療費控除の対象外と判断される可能性があります。ご検討の段階で税務署にご確認いただくことをおすすめします。

対象になりうるもの・ならないもの

項目一般的な扱い
診察料・治療費治療目的であれば対象になりうる
公共交通機関での通院交通費対象になりうる(電車・バスなど)
やむを得ない場合のタクシー代状況により対象になりうる
自家用車のガソリン代・駐車場代対象外とされています
美容を目的とした施術対象外とされています
健康増進・予防を目的としたもの対象外とされています

※ 上記は国税庁が示す一般的な考え方です。個別の判断は所轄の税務署によります。

領収書は5年間保管してください

確定申告では医療費控除の明細書を提出します。領収書そのものの添付は不要になりましたが、5年間の保管が必要で、税務署から求められたときに提示できるようにしておく必要があります。

当院では治療ごとに領収書を発行します。再発行はお受けできない場合がありますので、必ず保管してください。紛失に気づいた時点でご相談ください。

あわせて残しておくとよいもの

通院交通費は領収書が出ないことが多いため、日付・区間・金額をメモしておくと申告時に困りません。治療計画書やご説明の書面も、目的を示す資料として残しておくと安心です。

手続きの流れ

医療費控除の手続きの流れ(領収書を集める・明細書を作成する・確定申告書とあわせて提出する・5年間保管する)を示した図解
会社員の方でも確定申告が必要です。過去5年分までさかのぼれます。
1
1年分の領収書を集め、合計額を出す
2
医療費控除の明細書を作成する(国税庁の様式)
3
確定申告書とあわせて提出する(e-Taxまたは郵送・持参)
4
領収書は5年間保管する

会社員の方でも、医療費控除を受けるには確定申告が必要です。過去5年分までさかのぼって申告できますので、以前の分を申告していない場合もご確認ください。

参考にした公的情報

本記事の制度に関する記載は、次の公的情報を参照しています。いずれも外部サイトが開きます。

よくあるご質問

自由診療でも医療費控除は使えますか?
治療を目的とした診療の対価であれば、対象となる場合があります。自由診療であること自体は対象外の理由になりません。ただし最終的な判断は所轄の税務署が行います。
予防目的で受けた場合はどうなりますか?
健康増進や予防を目的とした費用は対象外とされています。当院にも予防医学の文脈でご相談いただくことがありますが、その場合は対象外と判断される可能性があります。事前に税務署へご確認ください。
領収書を紛失しました。再発行できますか?
再発行をお受けできない場合があります。医療費控除では5年間の保管が必要ですので、必ず保管してください。紛失に気づいた時点でご相談ください。
交通費も含められますか?
公共交通機関を使った通院交通費は対象になりうるとされています。自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外です。領収書が出ない場合に備えて、日付・区間・金額を記録しておいてください。
家族の分と合算できますか?
生計を一にするご家族の医療費は合算できます。単独では基準額に届かない場合も、世帯でまとめると対象になることがあります。
いくら戻ってきますか?
戻る金額は所得や税率によって異なるため、医療機関からお答えできません。国税庁のサイトに計算方法が示されていますので、そちらをご確認ください。
当院で証明書を発行してもらえますか?
治療ごとに領収書を発行します。それ以外の書式が必要な場合は、どのような書類が求められているかを確認のうえご相談ください。

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監修:グレイスアースクリニック 院長 野口 淳 医療法人社団慧愛会 グレイスアースクリニック(東京都渋谷区代々木1-35-3 toDOe代々木7階)/再生医療等提供計画番号 PB3230270・PB32240141/細胞培養加工施設番号(CPC) FC3230067
最終確認日:2026-08-16

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